El 1941 s’exilià amb la seva família després del cop d’estat militar que enderrocà el president Arnulfo Arias. Després de llicenciar-se en dret als Estats Units, el 1963 tornà a Panamà, on exercí l’advocacia. Diputat al parlament panameny des del 1964 pel Partido Panameñista Auténtico (PPA) d’Arias, el 1968 aquest el nomenà ministre d’economia després de guanyar les eleccions, càrrec que hagué d’abandonar pocs dies a conseqüència del cop d’estat d’Omar Torrijos. Perseguit per la policia política fins al final de la dictadura (1979), perdé amb Arias les eleccions del 1984 davant del Partido Revolucionario Democrático (PRD) sostingut de fet pel general Manuel Antonio Noriega, el qual interferí en la vida política. Successor d’Arias al front del PPA, Endara guanyà les eleccions del maig del 1989, però Noriega l’impedí accedir al càrrec i hagué de refugiar-se a la Zona del Canal de Panamà on, mentre Noriega fou enderrocat per tropes nord-americanes al desembre, Endara era investit president per un jutge. En accedir al mandat, treballà per la reconciliació nacional, establí les bases per a la recuperació de les institucions democràtiques, recuperà l’economia i normalitzà les relacions amb els EUA. El 1994 perdé les eleccions davant el PRD (que ara partcipava sense suport militar). Posteriorment es distancià del PPA i concorregué sense èxit a les eleccions en partits creats i liderats per ell (2004 i 2009).