Fill d’una família pagesa aimara, compaginà els estudis bàsics amb feines diverses. La dècada de 1970 la seva família emigrà a la zona del Chapare, per a dedicar-se al conreu de la coca. Elegit el 1988 dirigent de la Federació de Cocaleros del Tròpic, des del 1995 es convertí en líder de les mobilitzacions camperoles contra l’erradicació de les plantacions de coca i al voltant de la polèmica sobre la propietat dels recursos de petroli i gas de Bolívia. El 1997 fou elegit membre de la Cambra de Diputats pel Movimiento al Socialismo (MAS), però en fou expulsat entre el gener i el juny del 2002 per encapçalar les manifestacions dels “cocaleros”.
El desembre del 2005 guanyà les eleccions presidencials i es convertí en el primer president indígena de Bolívia. Amb un discurs social proper a Fidel Castro o Hugo Chávez (amb els quals estrenyé les relacions), Morales plantejà la despenalització del conreu i el consum de la fulla de coca i la nacionalització dels recursos energètics (especialment del gas), que completà al final del 2006. Impulsà també un procés constituent per a l’elaboració d’una nova constitució de caràcter acusadament socialitzant, el projecte del qual, presentat el desembre del 2007, havia de ser ratificat en dos referèndums consecutius. Tanmateix, paral·lelament a aquestes reformes, als departaments orientals de Beni, Pando, Tarija i, especialment, Santa Cruz, cresqué una reivindicació autonomista de signe clarament opositor que portà Morales a convocar un referèndum sobre la seva continuïtat. Celebrat l’agost del 2008, tot i que el resultat li fou clarament favorable (més del 64% de vots afirmatius, segons estimacions oficials), en les consultes celebrades als departaments díscols, els governadors partidaris de l’autonomia obtingueren també una àmplia acceptació. El gener del 2009 fou aprovada en un nou referèndum la nova constitució, que reforçava els poders de la presidència i els poders d’intervenció de l’Estat, i al desembre Morales obtingué una clara victòria en les eleccions presidencials.
Després de la reelecció continuà la política de nacionalitzacions de sectors estratègics i, entre d’altres, expropià la filial boliviana de Red Eléctrica de España (2012). Continuà també la política de redistribució dels beneficis dels sectors nacionalitzats, amb la qual cosa disminuí substancialment la pobresa, però l’oposició criticà reiteradament l’extensió de la corrupció. El maig del 2010 rebé la visita del papa Benet XVI. L’octubre del 2011, el fracàs en les eleccions per a designar els principals jutges del país fou interpretat com una mostra del descontentament per la seva política econòmica, especialment la relativa a l’augment dels preus dels aliments bàsics i dels combustibles. El 2013 guanyà el recurs de l’oposició al Tribunal Suprem contra la llei que li permetia accedir a un tercer mandat (contra la clàusula constitucional que els limitava a dos). Aquest mateix any tensà les relacions amb els EUA després que expulsés l’Agència dels Estats Units per al Desenvolupament Internacional, acusant-la d’espionatge. En les eleccions presidencials de l’octubre del 2014 revalidà el càrrec amb una àmplia majoria (60% dels vots).
El tercer mandat de Morales estigué marcat per un nou augment de la pobresa extrema, les protestes per la corrupció, la sentència de l’octubre del 2018 del Tribunal Internacional de Justícia en favor de Xile i contra Bolívia en la disputa per la sortida al mar d’aquest país, una controvertida ampliació de la superfície agrícola per al conreu de la coca, les protestes dels grups indígenes contra el projecte de construcció d’una carretera transamazònica i els devastadors incendis al bosc tropical (tot i l’autoproclamat compromís mediambiental del govern). El febrer del 2016 perdé el referèndum sobre la reforma constitucional que li permetria optar a una nova presidència, però el novembre del 2017 el Tribunal Constitucional eliminà el límit de mandats. Bé que fou oficialment proclamat vencedor en les presidencials de l’octubre del 2019, l’oposició encapçalada pel candidat Carlos Mesa i els observadors internacionals denunciaren un frau massiu a favor de Morales. Pressionat per una allau de protestes i per l’exèrcit, després del refús de l’oposició a la proposta de repetir les eleccions Morales dimití el 10 de novembre. Acusat de sedició i terrorisme pel govern interí presidit per la senadora de l’oposició Jeanine Áñez, un jutjat cursà una ordre de detenció contra Morales, que s’exilià a Mèxic i posteriorment a l’Argentina. El setembre del 2020 fou prohibida la seva candidatura al Senat en la repetició de les eleccions. Celebrades el 18 d’octubre, Luis Arce, candidat del MAS, el partit fundat per Morales, les guanyà en primera volta. Poc després d’accedir al càrrec, el jutge retirà les acusacions i l’ordre de detenció contra Morales, el qual retornà a Bolívia al novembre.