És hereva de l’anomenat Procés de Barcelona (1995), que fou refundat a iniciativa del president Nicolas Sarkozy en el marc de la presidència francesa de la Unió Europea, i hi coincideix en els objectius, bé que amb una major concreció. Els seus objectius se centren en l’impuls al desenvolupament de la regió, la intensificació dels contactes i la coordinació, especialment pel que fa als fluxos migratoris i a projectes econòmics i la creació d’institucions comunes i compartides en diversos àmbits com ara l’educació i projectes com ara la descontaminació.
En formen part els vint-i-set membres de la UE, Albània, Algèria, Bòsnia-Hercegovina, Croàcia, Egipte, Israel, Jordània, el Líban, el Marroc, Mauritània, Mònaco, Montenegro, l’Autoritat Nacional Palestina, Síria, Tunísia i Turquia. L’establiment de la UPM, que finalment tingué lloc el novembre del 2008, topà amb algunes dificultats, entre les quals la designació de la seu (que finalment fou Barcelona, i més concretament el Palau de Pedralbes) i les tensions entre àrabs i israelians, reflectides en la composició dels òrgans de govern i el paper de la Lliga Àrab.
L’acord final fixà un secretariat format per tres membres de la UE, dos d’Israel i l’Autoritat Nacional Palestina, i la secretaria general per a un representant dels països del sud de la riba de la Mediterrània. La inclusió d’un representant d’Israel al secretariat permeté l’entrada de la Lliga Àrab com a membre de l’organització. Hom fixà una copresidència compartida entre la riba nord i el sud, que en crear-se l’organització recaigué, en el president francès Nicolas Sarkozy i el president egipci Ḥusnī Mubārak.
El març del 2010 s’inaugura la seu de la UPM al Palau de Pedralbes i el jordà Ahmad Jalaf Massadeh prengué possessió com a primer secretari general de la UPM. Dimití el gener del 2011 al·legant el bloqueig de la institució a causa dels desacords entre els representants israelians i palestins.