Pren el nom del líder revolucionari comunista Farabundo Martí Madriz (1893-1932). Fou creat el 1980 com a organització guerrillera en unir-se diversos grups armats d’esquerra: les Fuerzas Populares de Liberación Farabundo Martí, el Ejército Revolucionario del Pueblo, la Resistencia Nacional, el partit comunista salvadorenc i el Partido Revolucionario de los Trabajadores Centroamericanos. Malgrat la creació d’una direcció unificada, els enfrontaments entre els diversos integrants foren continus. El 1981 l’FMLN llançà la primera gran ofensiva contra el govern (aleshores en mans d’ARENA i altres partits de dreta i extrema dreta), amb la qual controlà els departaments de Morazán i Chalatenango. En una segona ofensiva, el 1989 gairebé arribà a conquerir San Salvador malgrat el suport nord-americà a les forces governamentals.
Després de l’atac, els Estats Units pressionaren el govern salvadorenc per a aconseguir un acord de pau negociat, que fou signat el 1992 (acords de Chapultepec), any que l’FMLN es convertí en partit polític. Al llarg de les successives eleccions presidencials i legislatives entre el 1994 i el 2009, l’FMLN aconseguí un creixent suport electoral i es disputà les majories parlamentàries amb l’ARENA, però les aliances d’aquest amb altres partits li impediren formar govern. Mentrestant, enmig d’escissions i lluites internes, l’FMLN també evolucionà des d’un ideari revolucionari a la socialdemocràcia. En les eleccions legislatives del 2009 i del 2015 fou, per un estret marge, segona força per darrere de l’ARENA, posició que conservà en les del 2018, bé que a més distància. En les presidencials del 2018 el candidat de l’FMNL, Mauricio Funes, aconseguí la victòria i en les del 2014 guanyà novament el càrrec el seu candidat, Salvador Sánchez Cerén. El 2019 l’FMNL perdé la presidència després que Nayib Bukele, que l’any anterior havia estat expulsat del partit, guanyés les eleccions.