També vetlla per fomentar l’eficiència i l’eficàcia en la gestió dels fons públics tot comprovant qualsevol acte de corrupció, pràctica fraudulenta o conducta il·legal que afecti els interessos generals. El director o directora de l’oficina antifrau és elegit pelParlament de Catalunya a proposta del govern per una majoria de tres cinquenes parts dels diputats per a un mandat de nou anys no renovables. El primer director fou David Martínez Madero. El 2011 fou substituït per Daniel de Alfonso, el qual fou destituït pel Parlament de Catalunya el juny del 2016 després de la difusió per un diari d’una sèrie de converses mantigudes el 2014 entre ell i el ministre de l’Interior Jorge Fernández Díaz, en les quals ambdós avaluaven la possibilitat d’inculpar per presumpta corrupció polítics independentistes o, en absència de proves o indicis, elaborar informacions amb aquesta finalitat per ser filtrades a determinats mitjans de comunicació. Al juliol del 2016 el Parlament elegí Miguel Ángel Gimeno com a nou director de l'Oficina Antifrau.