La zona nucli de la reserva és el Parc Natural de S'Albufera des Grau, l’illa d’en Colom i el cap de Favàritx, una àrea que concentra una gran varietat de biòtops i acull espècies exclusives de l’illa, i també restes arqueològiques d’interès. El 2004 s’aprovà l’ampliació dels límits del nucli central, mitjançant la incorporació d’una àrea addicional situada en zona marina. La zona amortidora correspon a les àrees naturals d’interès especial derivades de la Llei d’espais naturals de Balears, i comprèn un 41% de l’espai de l’illa. La resta del territori pertany a la zona de transició.