Als anys cinquanta s’enrolà a l’exèrcit, dins del qual combaté la guerrilla karen. Féu costat al cop d’estat del general Ne Win (1962) i ascendí gradualment l’escalafó: el 1978 era coronel, vicecap de l’estat major el 1985 i major general el 1986. Aquest any ingressà al comitè central del Partit Birmà del Programa Socialista. Després de la repressió que esclafà la revolta democràtica del 1988 formà part del Consell per a la Restauració de la Llei i l’Orde presidit per Saw Maung, al qual succeí l’any 1992.
En aquest càrrec refermà l’isolament del país instaurat per Ne Win. Enfrontat a l’opositora Lliga Nacional Democràtica liderada per Aung San Suu Kyi en una pugna fluctuant entre les mesures de liberalització, qualificades de cosmètiques, les negociacions i la repressió sense pal·liatius, el règim presidit per ell és condemnat sobretot pels EUA i els seus aliats, i té entre els defensors Rússia i la Xina.
L’any 2004 forçà la dimissió del primer ministre Khin Nyunt, considerat un moderat. Al maig del 2008, després que el cicló Nargis devastés el país en una de les pitjors catàstrofes naturals, rebutjà gran part de l’ajut internacional. El mateix any féu aprovar una nova constitució, ratificada àmpliament en referèndum (resultat que l’oposició qualificà de frau massiu), que garantia la continuïtat dels militars en el poder. Al febrer del 2011 cedí la presidència al general Thein Sein, un estret col·laborador seu, tot i que aparentment Than Shwe continuava com a home fort del règim.