Creada per la Llei 18/2009, de 22 d’octubre, per assolir els objectius exerceix diverses funcions, entre les quals cal destacar l’execució de les actuacions i polítiques de salut pública que corresponen al departament competent en matèria de salut (d’acord amb els criteris, directrius i prioritats de les polítiques que fixi el Pla interdepartamental de salut pública a través d’un contracte programa aprovat pel govern i formalitzat pel Departament responsable i pel Servei Català de la Salut), fomentar la cooperació amb altres organitzacions que actuen en l’àmbit de la salut pública i coordinar les actuacions que es duen a terme en els centres de la xarxa assistencial. L’Aspcat té com a òrgans directius el consell d’administració, el director, que assumeix la gestió ordinària de l’agència d’acord amb les directrius del consell d’administració, el consell de participació i un consell assessor sobre aspectes tècnics i científics de la salut pública. Suprimida el novembre del 2013 i substituïda per una agència de salut pública depenent del Departament de Salut sense competències amb altres departaments, el Parlament de Catalunya n’aprovà el juny del 2019 la recuperació.