Té el seu origen en l’aprovació de diverses resolucions aprovades pel Consell de Seguretat de les Nacions Unides el 2008 (1814, 1816, 1838, 1846 i 1851) i el 2009 (1897) per tal d’impulsar accions que asseguressin el tràfic marítim a la Banya d’Àfrica davant els atacs i segrestos que patiren alguns vaixells que navegaven per aquesta zona. D’acord amb aquestes resolucions, el Consell de la Unió Europea, el setembre del 2008, aprovà la creació d’una Cèl·lula de Coordinació sobre pirateria, sota comandament d’un oficial espanyol, per coordinar l’actuació de les unitats navals i aèries a les costes de Somàlia. En l’operació Atalanta participen més de vint vaixells i avions, i el mandat, si no es prorroga, té vigència fins el 12 de desembre de 2012. Aquesta ha estat la primera operació marítima de la UE en el marc de la Política Europea de Seguretat i Defensa.