Filla gran de Pere II d'Urgell i de Margarida de Montferrat i germana del comte Jaume II. Empresonat el seu germà el 1413, i segons testament del seu pare, passà a ser comtessa d'Urgell, raó per la qual fou jutjada pel rei Ferran I i, declarada culpable com el seu germà, li foren confiscats tots els béns. Juntament amb la seva mare, la seva germana Cecília i la seva cunyada Isabel (esposa de Jaume) i les seves filles, es reclogué al monestir de Sixena, l'abadessa del qual era la seva germana Isabel. L'any 1416, Elionor i Cecília foren traslladades al monestir de Corbins, i el 1418 les dones de la casa d'Urgell es traslladen a Balaguer. Entre el 1424 i el 1430 fou deixebla de Pere Marginet i habità com a eremita a la cova coneguda amb el nom de Nialó, propera a l'ermita de Sant Joan. En retirar-se nomenà hereva del comtat d'Urgell i de la baronia d'Entença la seva germana Cecília. Fou enterrada al monestir de Poblet.