Estudià en una madrassa i fou probablement clergue rural abans d’unir-se al començament dels anys vuitanta a la insurgència dels mujaidins (guerrillers musulmans) contra els soviètics, guerra durant la qual perdé un ull. Amb el títol de comanador dels fidels, després de la retirada soviètica i la caiguda del règim aliat d’aquests fundà, durant la subsegüent guerra civil entre faccions, el moviment dels talibans, del qual esdevingué líder suprem. Es convertí en la màxima autoritat a l’Afganistan quan els talibans prengueren el poder (1996), i imposà una estricta observació de la xaria i acollí organitzacions terroristes sunnites, especialment Al-Qā‘ida. Després dels atemptats de l’onze de setembre de 2001 i l’enderrocament del règim dels talibans, fugí i organitzà la insurgència talibana contra el govern prooccidental de Hamid Karzai. Sota el seu comandament, els talibans ocuparen àmplies zones de l’Afganistan i també de la franja fronterera del Pakistan amb l’Afganistan, on establiren les bases. Buscat pels Estats Units, des d’aleshores visqué encara més reclòs, cosa que multiplicà els interrogants sobre el seu parador i, progressivament, sobre una possible mort. Al juliol del 2015, un membre del cos de seguretat pakistanès declarà que Omar havia mort el 2013, defunció confirmada poc després pels Estats Units i pels mateixos talibans, tot i que restaren més dubtosos els detalls de la mort (com ara si havia estat en un hospital de Karāchi). Els talibans, que també corroboraren la notícia, haurien simulat que Omar era viu entre el 2013 i el 2015, i anunciaren el seu successor, el mul·là Akhtar Mansur.