Joan de Llinàs i d’Escarrer fou un dels quinze fills del matrimoni format per Joan de Llinàs i Farell i Maria Anna d’Escarrer. El seu pare era cosí de Narcís Feliu de la Penya i rebé el privilegi de ciutadà honrat de Barcelona l’any 1674. Fou un destacat membre del partit austriacista a Barcelona.
Seguí la carrera militar, a diferència del seu pare, que era un comerciant de prestigi. Un cop Barcelona caigué en poder dels aliats de l’arxiduc Carles, fou nomenat cavaller. L’any 1710 era alferes del regiment de la Reial Guàrdia Catalana, creada pel mateix Carles III d’Àustria. Al final d’aquell mateix any prengué part en les batalles de Brihuega i Villaviciosa, on resultà ferit i capturat. Alliberat posteriorment, seguí la lluita a favor dels austriacistes. L’any 1713 fou ascendit al rang de tinent del seu regiment. Posteriorment, després de l’evacuació aliada, fou nomenat tinent coronel del regiment d’infanteria de Sant Narcís. En la junta de braços de principis de juliol del 1713, es mostrà partidari ferm de continuar la lluita contra els Borbó. Durant el setge de Barcelona fou ferit un parell de vegades i, pel juliol del 1714, rellevà Joan de Madrenas en el càrrec de coronel del regiment de Sant Narcís. Destacà també en la defensa del baluard de Santa Clara. Ocupada finalment Barcelona, fou un dels militars arrestats el 22 de setembre de 1714. El 2 d’octubre arribà a Alacant, i posteriorment fou conduït, juntament amb els generals Basset, Bellever i Sans, entre d’altres, al castell d’Hondarribia, on fou empresonat en una cel·la aïllada i sense llum. El mes de febrer del 1716, atès que no disposava de mitjans per a subsistir i que tenia les propietats segrestades, suplicà al governador de la plaça, Mata i Arnau, ajut per a poder sobreviure. L’informe favorable del governador aconseguí que Felip V permetés que li fossin assignats quatre rals diaris a compte dels seus béns segrestats. Al principi del 1718, Llinàs demanà el perdó reial i sol·licità el seu trasllat a Burgos. Finalment, però, preferí que se l’enviés a Sant Sebastià, cosa que, després de diversos informes favorables de la cort, aconseguí a partir del 12 d’agost de 1718 en un règim de llibertat vigilada. Per aquest motiu, quan la resta d’empresonats foren enviats a Segòvia, tant Joan de Llinàs com Francesc i Ramon Sans aconseguiren continuar a Sant Sebastià. Aquest fet fou decisiu per a la seva llibertat definitiva, ja que tots tres es presentaren voluntaris per lluitar contra el setge francès sobre la ciutat i contribuïren a la victòria sobre els francesos, fet que els valgué un informe favorable de Castel Rodrigo, que suposà, per a Llinàs, la llibertat total i la restitució dels seus béns embargats. Llinàs sortí cap a Barcelona el 16 de novembre de 1719 i hi arribà el 6 de desembre. L’octubre del 1731 es casà amb Isabel de Carreras i Sala.