No es té gairebé cap dada sobre els seus anys de joventut. Fou mestre de capella de la cort del marcgravi de Baden Lluís Guillem entre el 1692 i el 1741, primer a Schlackenwerth (Bohèmia), on la cort s’havia traslladat fugint de la guerra amb França, i, a partir del 1700, a Rastatt. Durant els anys d’esplendor musical de la cort de Baden, Fischer escriví música dramàtica de gran qualitat per a cerimònies festives, al mateix temps que la seva fama com a virtuós del clavicèmbal anava creixent. La seva obra religiosa, composta per salms i lletanies exclusivament, mostra una evident influència italiana. No obstant això, la inclinació per la música francesa tan característica a la cort de Baden en aquell temps, és present en la seva producció per a conjunt instrumental, concretament en la seva col·lecció de vuit suitesLe journal du printems (1695), on és perceptible la influència de G.B. Lulli. Fischer és considerat com el primer compositor que adaptà la forma tradicional de la suite orquestral francesa al clavicèmbal i entre les innovacions que introduí hi ha la substitució de l’obertura inicial per un preludi. A més, a Ariadne musica neo-organoedum (1702), col·lecció de vint preludis i fugues per a orgue escrits en diverses tonalitats, Fischer s’anticipà a l’obra màxima del temprament igual, El clavicèmbal ben temprat de J.S. Bach, compositor sobre el qual exercí influència. La seva obra representa la fusió entre la tradició musical germànica i la francesa.