Rebé les primeres classes del seu pare, mestre d’escola i aficionat a la música, i més tard estudià amb M. Holzer, que també era professor de Franz. El 1810 fou nomenat mestre adjunt de l’Orfenat d’Alsergrund a Viena, institució en la qual aconseguí la plaça de titular a partir del 1816. El 1851 esdevingué director de la Normalhauptschule. En les composicions atribuïdes a Ferdinand Schubert es fa molt difícil determinar quina part és obra seva i quina part pertany al seu germà, i fins on arriba la col·laboració de Franz, el qual fins i tot li cedí algunes obres seves per tal que Ferdinand es promocionés professionalment. Fou responsable de la custòdia dels manuscrits de Franz després de la mort d’aquest, al qual dedicà una missa de rèquiem.