Començà la seva trajectòria musical com a instrumentista a Màntua al costat del seu pare, Bernardino Piffaro, que cap al 1477 treballava com a instrumentista de vent a la cort dels Gonzaga en aquesta ciutat. Sembla que, entre el 1489 i el 1494, Bartolomeo serví a la cort florentina dels Mèdici. Després retornà a Màntua, on gaudí de la protecció i l’estima del duc. Aquesta situació canvià, però, quan sorprengué la seva esposa, Antonia, amb el seu amant i la matà. Llavors es veié obligat a fugir. Cap al 1502 entrà al servei de Lucrècia Borja a Ferrara i des del 1521 visqué a Venècia. Fou, juntament amb Marco Cara, un dels compositors de frottole més importants del principi del segle XVI. Se n’hi han atribuït més de 170, la major part impreses abans del 1520 en diverses col·leccions antològiques. Moltes són simples barzellette, però d’altres utilitzen textos de més qualitat, com ara de Francesco Petrarca o altres poetes de renom. També escriví algunes composicions religioses, entre les quals destaquen tretze laude, unes lamentacions i un motet.