La primera formació musical la rebé, probablement, a la seu de Lleida, amb el mestre Juan Merino. El 1664 fou gratificat pels seus serveis com a escolà cantor i prosseguí la seva estada a la mateixa seu com a cantor de la capella. El 1668 fou nomenat mestre de capella de l’esmentada seu de Lleida. El 1682 obtingué el mateix càrrec a la catedral de Barcelona, on succeí Lluís Vicent Gargallo, mort aquell mateix any. Durant la seva estada en aquesta ciutat, intervingué com a jurat a les oposicions de mestre de capella de les seus de Lleida (1686) i de Girona (1688). El 1696 demanà la jubilació al capítol de la seu barcelonina, la qual li fou concedida en atenció a la seva delicada salut; per tal d’ajudar-lo, fou nomenat, a títol de mestre coadjutor, Francesc Valls. L’obra servada de Joan Barter comprèn una trentena llarga de composicions, que majoritàriament pertanyen al gènere dels tonos i villancets. En aquest àmbit es mostra hereu de l’evolució artística dels seus antecessors, com ara Joan Cererols, Lluís Vicent Gargallo i Francesc Soler.