Clavecinista i organista consumat, inicià estudis de teologia, que no acabà, i després fou intèrpret d’aquests instruments a Geisslingen i a Ludwigsburg, d’on fou expulsat pel duc de Württemberg el 1773. El 1774 s’establí a Augsburg i fundà el periòdic "Deutsche Chronik", però a causa dels seus atacs a l’Església catòlica fou empresonat del 1777 al 1787. Durant aquest temps escriví nombroses composicions, una autobiografia i l’obra Ideen zu einer Ästhetik der Tonkunst ('Idees per a una estètica de l’art musical', 1806), que, a més d’un valuós document sobre la vida musical del seu temps, constitueix un dels primers exponents de l’estètica musical preromàntica. Un cop alliberat, reprengué l’activitat de publicista i fou poeta a la cort de Stuttgart. Com a crític musical, fou un dels primers a redescobrir l’obra de Bach. Alhora, bescantà la majoria de compositors italians. Schubart fou un prolífic i reconegut compositor de lieder i és autor també de tres sonates per a piano. Els seus poemes foren musicats per compositors romàntics, i són especialment remarcables les versions de Franz Schubert.