Després de dedicar-se a la pedagogia s’orientà vers la musicologia, disciplina en la qual es doctorà per la Universitat de Rostock (Mecklenburg) el 1855 amb treballs versats en folklore i en l’oratori. Escriví sobre diversos períodes de la història de la música, des del Barroc fins al començament del segle XIX. Una de les seves aportacions més importants fou l’especial atenció que dedicà a G.F. Händel, de qui escriví una biografia que quedà incompleta, i de qui impulsà l’edició de les obres completes sota els auspicis de la Societat Händel, feina que l’ocupà entre el 1858 i el 1894. Després de la publicació del primer volum, l’any 1858, la societat es dissolgué i continuà la tasca en solitari, amb moltes dificultats financeres. Encara que els seus treballs han estat àmpliament superats, la seva atenció a les fonts i la gran capacitat que tenia per a emplaçar la música en el seu context històric feren de Chrysander un dels fundadors de la ciència musicològica moderna.