El seu concert de presentació tingué lloc el 1984. El primer director musical fou Edmon Colomer, director titular fins el 1995, any en què fou reemplaçat per Llorenç Caballero, que prengué el càrrec de director artístic. Ja en l’etapa de Colomer, l’orquestra inicià la realització de sessions regulars de treball, anomenades trobades, per tot l’Estat, cadascuna de les quals fou dirigida en l’època de Caballero per un mestre convidat diferent. Colomer tancà la seva llarga vinculació a la JONDE amb una històrica actuació al Royal Albert Hall de Londres, dins un popular cicle de concerts d’estiu, els "Proms", organitzat per la BBC, interpretant amb un gran èxit la cantata La peste, del compositor català Robert Gerhard. La JONDE ha participat al llarg de la seva història en prestigiosos festivals i cicles de concerts, sota la batuta de grans directors convidats, com Carlo Maria Giulini, Jesús López Cobos, Antoni Ros Marbà, Gianandrea Noseda i Ernest Martínez Izquierdo. Sota la direcció de Colomer, la JONDE enregistrà obres com Atlántida, de Manuel de Falla, i La peste, de Gerhard.