Fou creada com a resultat de la fusió de diversos orfeons, amb una participació destacada dels més de quaranta antics socis del desaparegut Orfeó Valencià. El mateix any de la creació la junta acordà inscriure’s en l’Associació dels Cors de Clavé. Amb seu des del 1897 al palau del Comte de Parcent de València, el 1899 amplià les instal·lacions amb el lloguer dels locals i el teatre de l’antiga Societat Juvenàlia. La vinculació de Salvador Giner a la societat feu que aviat agafés una gran embranzida, que culminà el 1898 amb la fundació de l’Institut Musical Salvador Giner, que funcionava com a conservatori. El 1902 la Societat entra en una llarga crisi motivada per les despeses en l’estrena de les òperes de Giner, fins que l’any 1905 es dissolgué i es refundà amb el nom actual, denominació a la qual el 1928 s’afegí el sobrenom d’Institut Musical Giner, posteriorment reservat al centre docent.
El 1929 i el 1934 actuà a Barcelona conjuntament amb els Cors de Clavé (i recíprocament, el 1954 a València). El 1934 adquirí un terreny al carrer Guillem de Castro, on el 1946 començà la construcció de la nova seu, inaugurada el 1954, junt amb el teatre. S’hi representaren sarsueles, concerts, drames i comèdies. Així mateix, començaren les nits de cafè concert, que presentaren les primeres audicions de jazz a la ciutat. A principi dels anys setanta en una d’aquestes nits hi nasqué el premi d’assaig Joan Fuster, que posteriorment donà lloc als premis Octubre. El 1968 es creà l’Institut de Dansa, i l’any 1975 la Societat fou reconeguda com a institució no estatal per a l’ensenyament de la música i la dansa. El 1978 rebé del govern espanyol la qualificació d’entitat d’utilitat pública, oficialment assimilada al d’una fundació, i el 1997 obtingué l’acreditació com a centre docent del grau elemental en música i dansa. L’any 1995, un acord amb la Generalitat Valenciana permeté rehabilitar l’aulari de classes de l’edifici de Guillem de Castro, enderrocar l’antic teatre i construir-ne un de nova planta amb instal·lacions modernes i aularis com a ampliació de l’Institut Musical Giner. El mateix 1995 es creà la Companyia Teatre Micalet.
A la fi de la dècada de 2010 la Societat mantenia les seccions de l’agrupació musical de pua i plectre Rondalla El Micalet (1897), l’Aula de Teatre, creada el 1977 a partir del taller de teatre de L’Entaulat, del qual depèn l’Escola de Narració Oral (contacontes); el grup de danses Aimara (1976); la Coral Infantil El Raconet (1982); la Jove Orquestra Salvador Giner (1989); la Coral Giner (1996); la Coral Juvenil Anselm Clavé (2001); la Colla de Dolçaines i Tabals (2003), i una Sala d’Exposicions. Des del 1988 la Societat convoca anualment els premis literaris Miquelet, en diverses modalitats (narrativa, dramatúrgia, investigació, etc.) i també el premi Miquelet d’Honor, que s’atorga a persones i entitats en reconeixement a la trajectòria cívica o cultural en defensa de la identitat nacional i la cultura dels valencians.