Féu els seus estudis eclesiàstics al seminari de Girona i a Madrid. Ordenat el 1966, després de dos anys de ministeri a Malgrat (Maresme), anà a Xile, on féu el seu treball pastoral a San Bernardo, prop de Santiago, i a San Antonio, a la costa. Treballà també a l’hospital de la ciutat de San Antonio i al de Sant Joan de Déu de Santiago de Xile. Compromès amb els més pobres, tingué molta activitat en el moviment obrer cristià. Fou delegat sindical i consiliari del moviment obrer d’Acció Catòlica. Visqué el triomf i la caiguda del president xilé Salvador Allende, amb el programa del qual se sentia identificat. Cinc dies després del cop d’estat, el 19 de setembre de 1973, fou detingut per una patrulla militar i després executat. El soldat que l’executà, Nelson Bañados, reconegué anys després l’autoria material del fet i el 1999 se suïcidà. Hom ha publicat una biografia seva: Joan Alsina: Xile al cor (1976), d’I. Pujadas, premi de biografia Aedos, la qual aplega també escrits seus.