Es formà a Düsseldorf, Ginebra, París i Roma, on, impressionat per la cultura italiana, sojornà (1850-57). La seva fama s’inicià quan Lluís I de Baviera adquirí el seu discutit Pan . Exercí el seu magisteri a Weimar (1860-62) i posteriorment s’establí a Itàlia. Gran admirador d’Il Veronese i de Rubens, fou un romàntic retardat, amant de paisatges misteriosos i de mitologies, i la seva obra és tan aviat malenconiosa com macabra i caricaturesca. Bé que fou combatut, influí molt en el seu temps i sovint representà la volguda síntesi germanollatina. La seva Illa dels morts , de la qual féu sis versions des del 1880, àdhuc inspirà composicions musicals (Max Reger, Sergej Vasil’evič Rakhmaninov). Böcklin influí sobre la pintura metafísica , i a Catalunya fou molt apreciat; inspirà una meditació literària en català a Eduard Marquina i fou imitat per Josep M. Xiró i admirat per Joaquim Torres-Garcia. Una bona part de la seva obra es conserva a Basilea i a Munic.