El 1493 es casà a Barcelona amb María Enríquez, abans promesa de Pere-Lluís. Després anà a València i a Gandia, acompanyat per l’arquebisbe d’Oristany, Jaume Serra, per tal d’organitzar-hi els seus estats. Alfons II de Nàpols li atorgà el principat de Tricarico, però Ferran II i Isabel no volgueren concedir-li els feus promesos en llurs regnes. El 1496 marxà cap a Roma, on fou nomenat capità general de l’Església. Després de la derrota de Soriano (1497) fou assassinat a Roma i llançat al Tíber. No resta clar si els instigadors del crim foren els barons romans o el mateix Cèsar Borja, germà seu. El seu fill Joan de Borja i Enríquez el succeí a Gandia. Deixà també una filla clarissa, Isabel.