El 1860 organitzà les primeres càtedres d'agronomia, química aplicada i zootècnia. Entre els seus presidents es destacaren J. Desvalls i de Sarriera, marquès d'Alfarràs (1851-60), Pelagi de Camps, primer marquès de Camps (1872-75 i 1882-89), Carles de Camps, segon marquès de Camps (1897-1901), Ignasi Girona i Vilanova (1902-06 i 1915-23), Manuel Raventós i Domènech (1907-10), Carles de Fortuny i de Miralles, baró d'Esponellà (1923-31), Santiago de Riba (1931-34), Josep Cirera i Voltà (1934-36), Josep Bassedas i Montaner (1936), Epifani de Fortuny i de Salazar, baró d'Esponellà (1940-46), Xavier de Ros i de Dalmases (1946-48), etc.
L'Institut suplí fins a un cert punt l'ensenyament que fornia la desapareguda Junta de Comerç. Fou important el paper que tingué davant el problema de la fil·loxera. De bon principi representà un paper regionalista davant els caciquismes locals; un cop encetat el s. XX, tendí a una política clarament dretana. S'oposà a les lleis o mesures que milloressin la situació dels rabassaires i, en general, dels treballadors agrícoles (com la llei de 1873, que feia possible la redempció de la rabassa, i la llei de Contractes de Conreu, el 1934) i mantingué una visió pairalista davant els problemes del camp. S'oposà també a l'Eixample de Barcelona, per les expropiacions de terres que suposà.
Els anys trenta intentà d'allunyar-se —sense gaire èxit— de la direcció de la Lliga Regionalista, per tal d'adherir-se al corrent polític cedista (Acció Popular Catalana). Des de la seva fundació publicà una Revista de Agricultura Práctica, substituïda el 1865 per la Revista de l'Institut Agrícola de Sant Isidre, sovint bilingüe, amb una etapa totalment en català, i que hom publica encara. Com a suplement quinzenal de la revista aparegué, del 1889 al 1893, La Pagesia, que es fusionà amb L'Art del Pagès (1894-95). També publicà un Anuari... (1908), que sortí alguns anys en català, i el cèlebre Calendari del Pagès (des del 1856, sense interrupció). Ha editat també informes tècnics, manifests i opuscles, com Constitución familiar y organización de la propiedad en Cataluña (1912), La rabassa morta (1923), de J. Girona i Trius, i el conjunt de conferències La crisi vinícola (1923).