A la dieta de Szekesfehervar (1526) fou elegit rei d’Hongria. El seu adversari Ferran d’Àustria es proclamà rei un mes més tard, a Presburg, i Joan Szapolya es declarà vassall del soldà turc Solimà I, per obtenir-ne l’ajut. El 1538, després d’una llarga lluita, ambdós reis signaren la pau de Nagyvarad, per la qual es partiren el reialme hongarès: l’Hongria occidental restà per a Ferran, i l’oriental, per a Joan; una clàusula establia que, a la mort d’aquest darrer, la seva part del territori també passaria als Àustria. Szapolya, però, no la respectà i intentà d’assegurar la successió del seu fill Joan Segimon.