L’antic nucli, actualment abandonat, era als vessants del turó de Montmagastre (764 m alt.), coronat pel castell de Montmagastre, que el 1010 o el 1011 fou el primer dels castells conquerits pel comte Ramon d’Urgell, al baix Urgell. Ramon Borrell deixà, en morir, la senyoria alodial al seu fill, el comte Berenguer Ramon de Barcelona, el qual, en 1023-26, la deixà en feu a Ermengol II d’Urgell. L’església de Sant Miquel de Montmagastre, dotada el 1011, consta com a abadia canonical des del 1085, però el 1098 ja era unida al monestir d’Àger, els abats del qual s’intitularen aleshores abats d’Àger i Montmagastre, però el 1108 era ja un simple priorat, filial d’Àger. als s. XIV i XV els seus priors, canonges d’Àger, ja no hi residien. Suprimit el 1592, els seus béns s’integraren a l’abadia d’Àger.
Queden les ruïnes de l’església romànica, amb reformes tardanes, dues criptes i restes de pintures murals del s. XIV. De l’església, esdevinguda parroquial, depenen la de Sant Joan i la de la Vedrenya. Montmagastre donà nom al s. XIX al municipi d'Anya, sense, però, ésser-ne el centre.