El primer d’aquests museus, de titularitat estatal, fou creat el 1845 amb obres d’art procedents dels béns eclesiàstics desamortitzats. El Museu de la Diputació data del 1930, quan es reuniren les principals obres d’art que la diputació tenia disperses, a les quals hom agregà diversos dipòsits. Durant la guerra civil de 1936-39 hom uní els dos museus, que, després de diversos trasllats, han arribat a l’actual instal·lació. La secció d’arqueologia té la interessant col·lecció de més de 800 monedes almohades. De les col·leccions de ceràmica destaca la d’Alcora. Completa el museu un important conjunt de pintura. Des del principi del 2001 té la seu en un nou edifici, que aprofita alguns elements de l’antic col·legi d’orfes (claustre i església), obra dels arquitectes Luis M.Mansilla i Emilio Tuñón, i que ha estat guardonat amb el premi FAD d’arquitectura del mateix any. La nova edificació acull també l’antic fons dels museus d’etnologia i arqueologia de Castelló, i disposa de biblioteca, serveis de restauració i arqueologia, i sala s’exposicions temporals.