Llicenciat en dret el 1966, fou professor universitari fins el 1974, quan quedà exclòs per defensar un professor que havia estat expulsat per criticar la Constitució de Tito. Treballà posteriorment a l’Institut de Filosofia i Teoria Social, i dirigí algunes publicacions i editorials. És autor de diversos llibres de la seva especialitat, el dret constitucional. President del DSS (Partit Democràtic de Sèrbia) des de la seva fundació el 1989, l’any 2000 fou el candidat en les eleccions presidencials per la coalició Oposició Democràtica de Sèrbia (DOS), com a alternativa a la candidatura del president Milošević. L’acció fraudulenta en el recompte de vots per part del govern serbi provocà una revolta popular que finalment obligà Milošević a dimitir. A l’octubre del mateix any, Koštunica fou investit president de Iugoslàvia. La seva política s’orientà a assolir la normalització de la política interior i exterior iugoslava. S’oposà a l’extradicció de Milošević al Tribunal Penal Internacional el juliol del 2001, motiu pel qual s’enfrontà a Zoran Djindjić, primer ministre de Sèrbia i aliat seu a la DOS. A l’agost del mateix any, el seu partit abandonà el govern serbi, el qual acusà de no combatre amb prou fermesa el crim organitzat.
Després de la crisi provocada per l’assassinat de Djindjić (març del 2003), en les eleccions del desembre, malgrat el fort ascens dels ultranacionalistes, esdevingué primer ministre d’un govern de coalició que incloïa, entre d’altres, el Partit Socialista de Milošević. El febrer del 2005 rebutjà una proposta de partició de Sèrbia i Montenegro, però no pogué evitar que el gener del 2006 el resultat d’un referèndum celebrat a l’antiga república iugoslava fes efectiva la secessió. En les primeres eleccions legislatives en el nou estat serbi celebrades el gener del 2007 l’ultranacionalista Partit Radical Serbi assolí majoria relativa, però quatre mesos més tard una aliança dels partits centristes (entre els quals el Partit Democràtic de Sèrbia) aconseguí formar una coalició de govern amb Koštunica com a primer ministre, el qual, el març del 2008 dimití per la impossibilitat d’aconseguir un consens davant la declaració davant la independència de Kosovo i el suport que aquesta rebé per part dels EUA i dels estats més importants de la UE. En les eleccions legislatives liderà un bloc oposat a la independència de Kosovo que aconseguí un 11% dels vots.