El 1299 els ducs de Saxònia atorgaren a Hamburg el dret d’establir a l’illa una fortalesa per a protegir la navegació a l’Elba dels pirates. El 1310 es completà una gran torre, que és l’edifici més antic d’Hamburg i de la costa alemanya; l’any 1814 es convertí en un far. Des del 1905, Neuwerk és una zona lúdica i balneària. El 1937 la llei de l’àrea metropolitana d’Hamburg transferí l’illa a la província de Hannover i posteriorment, el 1969, després del pacte de Cuxhaven entre Hamburg i la Baixa Saxònia, l’illa tornà a l’estat d’Hamburg. Neuwerk forma part del parc nacional Hamburgisches Wattenmeer juntament amb les illes Scharhörn i Nigehörn.