L'any 1954 arribà al Paraguai, on inicià l'estudi de la llengua i la cultura guaranís. Es doctorà en ciències religioses per la Universitat d'Estrasburg (1969), amb la tesi La creación de un lenguaje cristiano en las misiones de los guaraníes en el Paraguay. Durant els anys setanta fou testimoni del genocidi del poble aché al Paraguai, fet que denuncià en el llibre La agonía de los Aché-guayaki (1973), i que li suposà l'expulsió del país (1976). L'any 1977 s'instal·là a l'estat brasiler de Mato Grosso do Sul, on convisqué amb la comunitat índia ena-wené-nawé. A partir de la seva convivència a la selva amb els indígenes guaranís del Paraguai, l'Argentina i Bolívia, i al Brasil amb els kainganges i els ena-wené-nawés, realitzà diverses investigacions en etnohistòria i etnolingüística de les diverses comunitats.
Membre de la Societat d'Americanistes de París, fou president honorari del Centre d'Estudis Antropològics de la Universitat Catòlica a Asunción. També fou director de la revista Acción d'Asunción (1969-75 i 1993-99), membre de la Comissió Nacional de Bilingüisme del ministeri d'educació i culte de la República del Paraguai (1994-2007) i treballà com a assessor del Programa d'Educació Bilingüe Intercultural del Teko Guaraní (Assemblea del Poble Guaraní de Bolívia) des del 1990.
Entre les seves publicacions cal destacar Elogio de la lengua guaraní; contextos para una educación bilingüe en el Paraguay (1995), El Paraguay inventado (1997), Mundo guaraní (2011) i La tercera lengua del Paraguay y otros ensayos (2014). Fou editor de l'obra lingüística (1639-40) d'Antonio Ruiz de Montoya Tesoro, Arte, Vocabulario y Catecismo de la lengua guaraní (4 volums, 1993-2011) i de Mil apellidos guaraníes, de León Cadogan (2007). Li fou concedit el Premi Ramon Llull (2002), el Premio Nacional de Ciencias del Paraguai (2004), la Medalla d'Or de Porreres (2008) i el premi Bartolomé de las Casas (2010). L'any 2015 fou nomenat doctor honoris causa per la Universidad Nacional de Misiones.