El monestir fou fundat inicialment a la torre de Santa Margarida de Santa Creu d’Olorda (Barcelonès). Amb anterioritat al monestir cistercenc sembla que hi havia hagut una petita comunitat femenina de donades, amb una església dedicada a Santa Maria de Valldonzella, coneguda des del 1175. El 1226 el bisbe Berenguer de Palou cedí el lloc al monestir de Santes Creus perquè hi patrocinés l’erecció canònica d’un monestir de monges cistercenques, que hi començaren a residir el 1237. La primera comunitat era formada per Berenguera de Cervera amb 11 monges. El 1263, amb l’autorització de JaumeI, construïren un nou monestir a ponent de la ciutat de Barcelona, extramurs, al lloc dit la Creu Coberta, que fou inaugurat el 1269. El nou monestir fou molt afavorit per Jaume I i els seus successors i pels bisbes de Barcelona, que li uniren la parròquia de Sant Esteve de Parets (1291) i de Santa Creu d’Olorda (1416). Al principi del s XIV la comunitat es componia d’unes cinquanta monges, la majoria filles de la noblesa ciutadana. El 1410 emmalaltí i morí en aquest monestir Martí I, i, pocs anys després, la seva vídua Margarida de Prades s’hi retirà. La reforma tridentina afectà molt la vida del monestir, insistí en la clausura i prohibí d’entrar-hi més novícies, fins que la prohibició fou atenuada per Roma el 1599 gràcies a l’intervenció de Felip III de Castella. En 1640-43, durant la guerra dels Segadors, les monges abandonaren el monestir i es traslladaren dins la ciutat, i a la fi el monestir fou destruït el 1652 amb motiu del setge de Barcelona. El 1674 la comunitat passà a viure a l’antic priorat pobletà de Natzaret , situat al carrer que més tard rebé el nom de Valldonzella, on residí pràcticament fins el 1909, bé que durant el s XIX les monges hagueren d’abandonar el monestir el 1814 i refugiar-se a Mataró (una bona part de l’edifici fou destruït, i reedificat el 1826) i l’hagueren d’abandonar temporalment el 1835 i el 1847. En 1913-19 es traslladaren a l’indret actual de Bellesguard per consell del bisbe Torras i Bages, en un nou monestir projectat per Bernadí Martorell. L’església, dedicada a l’Assumpció, és un notable edifici modernista neogòtic. La comunitat actual és formada per 47 monges.