Organisme eclesiàstic que tenia com a finalitat de vetllar per la puresa de la fe, investigant els errors i castigant-los públicament. La gran florida de moviments càtars dels ss XI-XII, i també d'altres moviments espirituals i apocalíptics, determinà la urgència de la funció episcopal de vetllar per la conservació de la fe de la comunitat cristiana. En el context de la croada contra els albigesos, el concili de Tours (1163) determinà que les autoritats tenien l'obligació de cercar els heretges de llur diòcesi o territori; d'aquí vingué la primera aplicació, bé que temporal —tres mesos—, a Tolosa, per obra del cardenal legat, Pere de Sant Crisògon, i el comte Ramon V. L'experiència del Llenguadoc i la política repressiva de Lluís IX de França motivaren la decretal del papa Luci III (Ab abolendam, 1184), donada en presència de l'emperador Frederic I, que hom pot considerar el document fundacional de la inquisició medieval; establia l'obligació dels bisbes de visitar, amb delegació pontíficia, almenys dues vegades l'any, la diòcesi pròpia per cercar-hi els heretges, absoldre'ls o castigar-los. Posteriors constitucions d'Innocenci III, que ratificà el fonament jurídic que l'heretgia és un crim de lesa majestat, i sobretot el concili IV del Laterà, promulgat com a llei imperial per Frederic II, determinaren el fonament d'aquesta institució i el seu procediment; l'emperador introduí, a més, davant les vacil·lacions de la cúria romana, la pena de foc, que després fou comunament acceptada. Gregori IX (1231) instituí inquisidors permanents i amb territoris delimitats, que gradualment absorbiren les funcions inquisitorials dels bisbes i després els eliminaren; la institució empalma, al s XVI, amb la inquisició romana. El decret de Gregori IX i els posteriors manuals d'inquisidors —Nicolau Eimeric, Bernat Gui, Ramon de Penyafort— configuraren aquesta institució judicial: la competència, que inicialment era l'heretgia, s'estengué a d'altres camps, com ara blasfèmia, excomunicats, bruixes, pecats contra natura, adulteri, incest, etc. El procediment podia començar d'una manera diversa —denúncia, sospita, opinió pública, etc— i donava lloc a l'interrogatori de l'inculpat, fet en presència de dos testimonis, en el curs del qual podia ésser sotmès a turment i a presó; la culpabilitat sortia o bé de l'autoreconeixement o bé del testimoni advers de dues persones, dignes de fe, el nom de les quals era secret i que havien d'ésser castigades amb penes molt greus en el cas de falsa testimoniança; reconeguda la culpa, era convocat un jurat, representatiu dels diversos estaments, escoltat el qual l'inquisidor dictava la sentència i, si era de pena capital, el reu era lliurat al braç secular per a la seva execució, generalment pel foc, del qual no escapaven els cadàvers dels condemnats ja difunts; si el culpable era clergue, hom procedia prèviament a la seva degradació. Les penes a imposar anaven des de la presó ad vitam —que comportava la confiscació de béns— fins a pelegrinatges; la més lleu era d'anar vestit d'una forma determinada, fet que comportava la infàmia de la gent. El finançament era fet principalment amb els diners procedents de les multes i de la confiscació. A la fi del s XV fou creat a Castella un tribunal mixt, eclesiasticocivil, concedit pel papa Sixt IV als reis Isabel I de Castella i Ferran II de Catalunya-Aragó per a inquirir i castigar l'heretgia dels judaïtzants (1478), a fi de mantenir la unitat religiosa, considerada aleshores com a element primordial de la unitat política. Enric IV, atesa la ineficàcia de la inquisició medieval a Castella davant aquest grup, ja havia demanat a Roma una nova inquisició, amb inquisidors elegits pel rei, que li fou denegada (1461), com també una nova petició feta pels nobles a Medina del Campo (1465). Possiblement la inclinació dels conversos de Càceres pel bàndol portuguès contrari a Isabel i el viatge d'aquesta per terres d'Extremadura i l'Andalusia occidental (1477-78) mogueren la reina a renovar la petició al papa Sixt IV, que en la butlla Exigit sincerae devotionis (1478) concedí als conversos aquesta nova inquisició, que gradualment, però, anà estenent, al llarg de tres segles i mig d'existència, la seva jurisdicció: vigilància dels funcionaris reials (1490), moriscs (1492), apocalíptics (1500), sodomia i altres pecats de tipus sexual (1504), independentistes navarresos (1516), il·luminats (1525), erasmistes (1539), luterans i protestants en general (des del 1559), vigilància sobre els llibres amb edició d'un Índex (1559-1790), posat successivament al dia i font d'enfrontaments amb la corresponent congregació romana. A partir del s XVII, a causa de la seva vinculació amb l'estat, s'estengué a jansenistes, maçons, filòsofs i lliurepensadors i revolucionaris liberals. El primer lloc d'aplicació fou Sevilla (1480) i les queixes (procediment anticanònic, facultats exorbitades, disminució de l'autoritat episcopal, etc) determinaren la suspensió del tribunal per Sixt IV (1482), però les peticions de Ferran II per a reimplantar-la a la corona catalanoaragonesa, acompanyades de les d'Isabel, com també la política conciliatòria del rei en la qüestió de Nàpols, obtingueren la nova i definitiva concessió del tribunal (agost del 1483). També aquesta nova implantació fou difícil, car el mateix papa volia preservar el dret d'apel·lació a Roma, però s'anà imposant i mantingué una forta activitat als ss XVI-XVII, la qual decresqué durant el s XVIII. Les primeres supressions del s XIX foren la de Josep I Bonaparte (1808) i la de les Corts de Cadis (1813), que la substituïren per uns tribunals eclesiàstics dictaminadors del delicte, que lliuraven el culpable al tribunal civil; restablerta per Ferran VII (1814), fou novament suprimida en el Trienni Liberal (1820), i la seva no-instauració en la Dècada Ominosa portà a la creació de les juntes de fe. Suprimides aquestes, la petició repetida d'alguns bisbes i del mateix Consell de Castella fou neutralitzada per la campanya del periòdic "L'Étoile" de París i les gestions dels ambaixadors de la Santa Aliança, sobretot el francès; d'altra banda, el papa Pius VIII erigí la nunciatura com a tribunal d'apel·lació en les causes de fe (1829). El 15 de juliol de 1834 la regent Maria Cristina abolí definitivament el tribunal de la inquisició.
La darrera inquisició havia tingut com a òrgan de govern el Consell de la Suprema i General Inquisició. En el camp local es constituïren tribunals, nomenats per l'inquisidor general, i altres càrrecs menors: receptor de béns, algutzir, escarceller, nunci, notari de segrests i jutge de béns, qualificadors, consultors; corresponsals als pobles o a comarques eren els comissaris i familiars . Tribunals permanents foren Sevilla (1481), Còrdova (1482), Valladolid (1485), Saragossa (1485), Toledo (1485), Llerena (1500), Canàries (1504), Conca (1512), Granada (1526), Logronyo (1570); altres tribunals actuaren durant un temps més o menys llarg. El procediment del tribunal i la seva organització interna restaren assenyalats en les Instrucciones antiguas, dels inquisidors Tomás de Torquemada i Diego de Deza, i les Instrucciones nuevas, d'Alfonso Manrique i Fernando de Valdés; pràcticament no difereixen del procediment medieval, si no és en la solemnitat de l'edicte de gràcia i l'acte de fe, així com en la insistència a mantenir sota un secret rigorós el nom dels testimonis de càrrec, origen de molts abusos. També el finançament del tribunal tingué les mateixes fonts, i el volum econòmic dels béns confiscats arribà a adquirir una importància primordial.