Pel juny del 1982 Israel envaí el Líban i obligà l'OAP a retirar-se del país, que es refugià en diferents països àrabs, sobretot a Tunis. Per l'agost del mateix any Bachir Gemayel, maronita del Partit Falangista, fou nomenat president electe. Pel setembre del 1982 i com a resultat de la mort en atemptat de B.Gemayel, fou elegit president el seu germà Amin Gemayel, també membre del Partit Falangista. Israel es retirà del Líban el 1985, i el 1986 l'OAP inicià una ofensiva sobre diverses poblacions del nord d'Israel, a la qual l'exèrcit israelià respongué amb nombrosos atacs aeris sobre objectius palestins a la vall de la Beka'a i el sud del Líban. D'altra banda, també augmentaren els enfrontaments entre els xiïtes de Hizb Allāh i les forces de les Nacions Unides situades a la frontera amb Israel. A mitjan 1986 tingueren lloc enfrontaments entre els guerrillers xiïtes d'Amal i l'OAP pel control dels camps de refugiats. Els intents d'acord per posar fi als enfrontaments als camps de refugiats fracassaren al llarg del 1987 i, el 1988, els conflictes entre Amal i Hezbollah finalitzaren amb la intervenció de les tropes sirianes. Es repetiren, igualment, les lluites intestines de l'OAP, durant les quals la facció rebel d'Abu Musa aconseguí l'expulsió dels partidaris d'Arafat. Per la seva banda, l'aviació israeliana continuà bombardejant els camps de refugiats del sud del Líban per tal de neutralitzar l'OAP. La successió a la presidència d'Amin Gemayel fou causa d'una severa confrontació entre el general Michel Aoun i Salim el Hoss. Aoun proclamà, amb el suport de França i dels cristians del Beirut est, una guerra d''alliberament', a la qual respongué el Hoss, amb l'ajut de Síria i dels musulmans del Beirut Oest. A iniciativa de l'Aràbia Saudita, d'Algèria i del Marroc fou signat, el 22 d'octubre, a Sa'if (Aràbia Saudita), un acord favorable al reequilibri del parlament libanès en favor dels musulmans, tot justificant la presència en el país de tropes de Síria, país al qual hom concedia una certa tutela sobre el Líban. Nomenat, amb el suport de Síria, el nou president Elias Haraui (després de l'assassinat de René Muawad, elegit el 5 de novembre), es reprengueren novament les hostilitats: Aoun aconseguí d'enfonsar el front adversari i dividir en dues zones l'escenari del conflicte. Tot i l'avantatge de què inicialment gaudí Aoun, les milícies musulmanes, amb el suport de Síria, aconseguiren de controlar el Beirut Est (13 d'octubre). El procés de reunificació del Líban conclogué el 24 de desembre amb la formació d'un govern dirigit per Omar Karamé.
Finalment, el 22 de maig de 1991 se signà a Damasc un tractat de 'germanor i cooperació' entre el Líban i Síria, acord que més tard fou ratificat, amb algunes abstencions, pel parlament libanès. La guerra havia resultat adversa als interessos palestins: el mes de juliol del 1991 l'exèrcit sotmeté novament a control el sector de Saida, l'últim reducte de la resistència palestina al Líban. Al llarg del 1993 continuà el procés de reconstrucció econòmica del país, i el govern demanà ajudes al Banc Mundial i als estats del golf Pèrsic. L'economia es revitalitzà, amb un creixement del 6% del producte interior brut al llarg del 1994. No obstant això, la manca de resolució del problema del sud del país influí negativament sobre les possibilitats de reconstrucció política del Líban. Durant l'estiu del 1993 es produí una escalada de violència entre la guerrilla d'Hizb Allāh i Israel; al juliol, Israel portà a terme les operacions militars més grans des de la invasió del 1982. Finalment, arribaren a un acord, patrocinat pels Estats Units, segons el qual Israel i les milícies d'Hizb Allāh es comprometeren a no tenir la població civil com a objectiu militar. Malgrat això, els enfrontaments es reproduïren novament el 1994 i el 1995, i el 1996 l'acord es trencà. Els atacs d'Hizb Allāh contra nuclis poblats del nord d'Israel foren contestats amb una operació militar aèria contra ciutats i pobles de tot el Líban, inclosa la capital. El balanç dels enfrontaments fou de mig milió de desplaçats i més de 200 morts. L'escalada militar s'aturà amb la represa de l'acord del 1993. Pel que fa a la política interior, a la tardor del 1996 se celebraren eleccions generals, guanyades pels grups liderats pel president (Elias Harawi) i el primer ministre (el multimilionari Rafiq al-Harīrī). El govern sortit de les eleccions del 1998 feia preveure una nova orientació més reformista. El nou president, Émile Lahoud, nomenà primer ministre Salim al-Huss. Al mes de maig del 2000, les tropes israelianes es retiraren del sud del Líban, que ocupaven des del 1978. En la retirada confluïren la llarga i costosa guerra de guerriles amb què Hizb Allāh hostilitzava l'exèrcit israelia i l'intent del primer ministre israelià Ehud Barak de rellançar els acords de pau d'Oslo. Tot i això, les tensions amb Israel continuaren amb motiu de la desviació pel Líban de les aigües del Jordà (que cobreix el 10% de les necessitats hídriques d'Israel). Al setembre del 2000, tingueren lloc unes noves eleccions legislatives que guanyà l'oposició, formada per una coalició de musulmans, drusos i cristians, amb l'excap de govern Rafiq al-Harīrī com a líder. Tot i el rebuig inicial del president, aquest acabà nomenant primer ministre Harīrī. Foren les primeres eleccions després de 30 anys en què participaren els ciutadans del sud del Líban. Els primers anys del s XXI foren dominats per la tensió creixent entre el president Emile Lahoud i el primer ministre. En el rerefons, l'enfrontament reflectia les resistències de Síria a deixar de tutelar el Líban davant les pressions internacionals, especialment dels EUA. En prendre possessió del càrrec per segon cop (octubre del 2000), Harīrī continuà la reconstrucció del país. Els resultats de la seva gestió foren discutits: si bé la modernització de les infraestructures (realitzades sobretot durant el seu primer mandat, 1992-98) fou molt notable i el clima per a l'atracció de les inversions estrangeres millorà, l'endeutament que generà fou força elevat. Tot i aquest clima de 'reconstrucció', aquests anys la violència no cessà completament: entre altres, foren assassinats el líder cristià Elie Hobeika (2002), poc després d'haver fet públic que posseïa informació vital sobre les massacres de palestins del 1982, i d'un membre de Hizb Allāh (2003), que el govern libanès atribuí a Israel. El 2003 també tingueren lloc diversos atemptats contra interessos nord-americans i britànics. El 2002 el parlament aprovà una llei que privava els 400 000 refugiats palestins d'adquirir terresen territori libanès. Al setembre del 2004 tingué lloc una crisi de govern quan Síria pressionà per estendre el mandat de Lahoud tres anys més (proposta aprovada pel parlament). Com a resposta, cinc ministres i Harīrī dimitiren els càrrecs, malgrat que l'ONU havia instat Síria a no intervenir en els afers interns del Líban i a retirar-ne el contingent armat. A l'octubre, Lahoud nomenà el prosirià ‘Umar Karāmī primer ministre. Al febrer del 2005 l'assassinat de Harīrī obrí una nova crisi. Si bé l'atemptat no fou reivindicat, pels indicis i pel context, el govern i el president Lahoud i Síria foren assenyalats com a inductors, autors o còmplices. Les protestes massives antigovernamentals i antisirianes forçaren la dimissió del govern Karāmī a l'abril, que fou substituït per Najib Mikati, qualificat de prosirià moderat.