La història del Tadjikistan s'identifica amb la del Turquestan i, concretament, amb el khanat de Bukhara, del qual depengué fins a l'annexió a Rússia (1868). Sota la Unió Soviètica, el territori formà part, primer, de les repúbliques del Turquestan (1918) i de l'Uzbekistan (1920), dins el qual el 1924 esdevingué província autònoma. El 1929 fou declarat república soviètica. En 1921-25 hi hagué una important activitat guerrillera que s'oposà al règim soviètic i, als anys trenta, els immigrants russos ocuparen posicions clau en l'administració. Des del 1970 hi hagué un fort creixement de l'Islam, durament reprimit pel règim soviètic, que s'expressà en l'oposició a la intervenció soviètica a l'Afganistan i en l'hostilitat a les minories no islàmiques. Amb la perestrojka de Gorbačov, s'agreujaren les tensions, i les males condicions de vida foren motiu d'importants aldarulls contra les autoritats locals, les quals respongueren pel febrer del 1990 amb la declaració d'un estat d'emergència que durà un any. Bé que, per tal de contenir les reivindicacions nacionalistes, el Soviet Suprem del Tadjikistan declarà la sobirania el 1990, el mateix any fou de les poques repúbliques que acceptà el tractat de la Unió. La desintegració del territori soviètic arran del fracassat cop d'estat de l'agost del 1991 conduí a la declaració de la independència dos mesos més tard i a la convocatòria d'eleccions presidencials pel novembre, en les quals el comunista Rakhman Nabijev superà l'oposició islàmica i liberal, que qualificà la convocatòria de fraudulenta. Pel desembre del 1991, tot i haver signat dos mesos abans el Tractat de la Unió proposat pel mandatari sovietic Mikhail Gorbačov, que intentava preservar una mínima estructura de l'URSS, el Tadjikistan s'integrà a la Comunitat d'Estats Independents (CEI). La victòria de Nabijev en les eleccions presidencials del desembre del 1991 donà pas a uns quants mesos de creixent polarització política entre els defensors del règim neocomunista i l'oposició, encapçalada pel Partit del Renaixement Islàmic. Violents enfrontaments i l'expulsió del poder de Nabijev al setembre del 1992 constituïren l'inici del que seria una cruenta guerra civil arrelada en disputes interregionals entre clans. D'una part, el bàndol comunista establert a Khodžent (antiga Leninabad) recollí el suport dels habitants del nord, de la població de Kulab al sud i de la minoria uzbeka. D'altra part, el bàndol opositor liderat per la coalició islamodemocràtica recollí els interessos de la població del sud (excepte Kulab) i dels ismaelians del territori autònom de Gorno-Badakhšan. Entre el 1994 i el 1996 tingueren lloc els combats més intensos, que no posaren, però, fi al conflicte. Paral·lelament, es produïren tensions internes dins de cada bàndol, i especialment entre els aliats governamentals prengué força el grup dels kulabis, que guanyà en les eleccions legislatives de febrer del 1995 (boicotejades pels partits d'oposició), en detriment dels grups afins al president Emomali Rakhmonov (guanyador de les eleccions presidencials del novembre del 1994, boicotejades pels islamistes i altres grups d'oposició), la posició del qual s'afeblí progressivament. Representants del govern i l'oposició mantingueren rondes periòdiques de negociacions amb la mediació de les Nacions Unides, acordant al setembre del 1994 un alto el foc renovat posteriorment. Al llarg del conflicte Rússia donà suport al govern, en especial als kulabis, mentre que l'Uzbekistan secundava més aviat els grups governamentals del nord, i aportà tropes d'interposició desplegades al llarg de la frontera amb l'Afganistan (país de refugi per a les forces militars d'oposició amb les quals els soldats russos hagueren d'enfrontar-se). Sota els auspicis de Rússia, Rakhmonov i Abdullah Nuri, líder dels islamistes, arribaren a un acord al desembre del 1996, concretat al març del 1997 amb l'establiment d'una Comissió de Reconciliació Nacional. Amb tot, la pau no es consolidà, com ho demostrà l'atemptat que a l'abril del 1997 ferí el president Rakhmonov, pels múltiples assassinats de membres del govern i l'oposició, i per la represa de la violència per part de faccions contràries als acords de pau. Al novembre del 1998, un d'aquests grups, dirigit per Makhmud Khudojberd'jev, travessà la frontera amb l'Uzbekistan i prengué una ciutat del N, fet que provocà un greu conflicte entre ambdós països. L'any 2000 entrà en vigor el repartiment de poders entre el govern tadjik i la islàmica Oposició Tadjik Unificada (OTU) arran de l'acord de pau signat el 1997. El repartiment s'evidencià en les eleccions presidencials del 1999 –qualificades de fraudulentes per l'OSCE–, que confirmaren Emomali Rakhmonov en el càrrec, i legislatives, de les quals sorgí un parlament dominat també pel govern. Al juny del 2003, el resultat d'un referèndum (qualificat també de fraudulent) permeté optar a un tercer mandat consecutiu a la presidència. Tot i que posà fi a la guerra civil, el nou ordre no restablí l'estabilitat, i la violència i el descontrol de grups armats continuaren. El govern respongué amb la repressió i la persecució d'aquests militants, molts dels quals vinculats a l'islamisme radical, tot i que foren nombroses les acusacions d'utilització del terrorisme com a pretext per a reprimir indiscriminadament l'oposició, com ara en el cas de la detenció de l'opositor M.Iskandarov el 2004 i la seva posterior condemna l'any següent. Al febrer del 2005, les eleccions legislatives foren guanyades de manera aclaparadora pel partit del govern, tot i que foren nombroses les acusacions de frau. Al novembre del 2006, en les eleccions presidencials, Rakhmonov sortí reelegit i, com en altres ocasions, algunes organitzacions internacionals denunciaren irregularitats en el sufragi. Tot i ser un dels països més pobres de la zona, amb una població que es veu afectada per xacres com ara el treball infantil o la drogodependència, l’economia cresqué entorn del 8%. L’hivern del 2007-08, l'intens fred hi causà estralls i el país hagué de demanar ajuda d’emergència a les Nacions Unides. Tot i algunes qüestions de tipus sombòlic com ara la desrussificació oficial dels noms el 2007 (el mateix Rakhmon eliminà la terminació -ov del seu nom), el país ha continuat mantenint una gran dependència de Rússia, que el 2008 li cancel·là el deute en canvi de la cessió d'unes instal·lacions de seguiment espacial d'època soviètica. D'altra banda, al gener del 2009, el govern tadjik arribà a un acord amb els EUA per al transport de material civil a través del seu territori amb destinació l'Afganistan. Arran dels atemptats de l'11 de setembre de 2001 a Nova York, el Tadjikistan, que ja al juny del mateix any havia estat cofundador de l'antiterrorista Organització de Xangai per a la Cooperació, amb Rússia, la Xina i altres estats de l'Àsia Central, s'alineà ràpidament amb la lluita antiterrorista global impulsada per G.W.Bush, i al juliol del 2002 Rakhmonov reforçà la frontera amb l'Afganistan per tal d'evitar la infiltració de membres d'al-Qā'ida i també contra el narcotràfic, molt intens en aquesta zona. A l'octubre del 2004, Rússia obrí una base militar al Tadjikistan, mesura que fou alhora interpretada des del punt de vista de la lluita antiterrorista i com a signe de la inquietud de Moscou per la creixent presència nord-americana a l'Àsia Central, territori considerat “propi”. El Tadjikistan és un dels estats més pobres de l'Àsia Central, però la seva importància estratègica ha afavorit els ajuts de Rússia, els EUA i les institucions econòmiques internacionals.