Al marge de la religió cristiana i també marginada dins les ciutats es trobava la comunitat jueva, reclosa als calls.
Els calls o barris jueus de les ciutats catalanes tenien els seus propis establiments públics i també la seva sinagoga, sovint anomenada «escola».
En ciutats importants com Barcelona podia haver-n’hi més d’una, però en cap cas no van arribar a assolir un desenvolupament arquitectònic o artístic comparable al de les esglésies cristianes.
Generalment es devia tractar d’espais habilitats en edificis o cases particulars tal com donen a entendre documents com una autorització del rei Jaume I al jueu de Barcelona Bonanasc Salomó, al qual concedia, l’any 1263,
«plenam licenciam et posse faciendi et construendi seu edificandi oratorium sive Sinagogam intus domos tuas vel in quocumque alio loco tu volueritis intus Callem judaycum Barchinone in quo oratòria sive sinagoga possis mittere et tenere librum legis Moysi qui dicitur Rotle et omnes alios libros ebraycos...»
Tanmateix, també hi ha notícies sobre la construcció de sinagogues de nova planta: a Vic, l’any 1277, Arnau Miró ven a uns jueus una part d’un hort «in quo patio possitis facere domos et scholam». Semblantment, i gràcies a la informació aportada per mossèn Joan Segura sobre els jueus a Santa Coloma de Queralt, sabem que la sinagoga d’aquesta vila es va construir en un gran pati o corral que es trobava tocant al carrer Major.
La construcció de la sinagoga de Tàrrega va ser autoritzada pel bisbat de Vic l’any 1346. Devia tractar-se d’un edifici d’una certa envergadura, ja que va ser posada per model de la de Cervera, l’any 1384.
D’aquesta última es pot conèixer la disposició amb molta versemblança gràcies a l’atenta lectura de la documentació que hi fa referència i a la reconstrucció esquemàtica realitzada per Agustí Duran i Sanpere.
La sinagoga «nova» de Cervera era situada a la banda de ponent del Call superior de la ciutat, a la cantonada de la plaça de l’Om i el carrer del Vent. Tenia l’entrada orientada cap al sud, mentre que la cambra dels rotlles quedava a la banda de llevant. La sala principal era un espai força ampli, dividit en tres trams per arcades. Al centre hi devia haver la tarima o thema i tot el perímetre interior era encerclat per un total de 52 seients, cadascun dels quals va ser adquirit per un membre de la comunitat a fi d’aportar diners per a la construcció de la sinagoga.
A les ciutats principals la sinagoga acostumava a formar una unitat amb altres dependències de la comunitat jueva, tal com és ben documentat a Girona, on en un mateix immoble es trobaven la sinagoga o escola dels homes, la de les dones, els banys rituals, un hospital i una carnisseria.
Un bon testimoni dels banys jueus o mikwa podrien ser els de Besalú si es confirmés que aquesta era la seva autèntica funció, tema del qual no hi ha proves concloents i sí molts dubtes. La seva cronologia és igualment incerta i si bé l’aparença de les estructures és romànica, tampoc no s’ha de descartar una datació del segle XIII o fins i tot posterior.
Després dels saquejos i les destruccions del 1391, una majoria de sinagogues catalanes van desaparèixer. D’altres, com la de Girona, a la qual acabem d’al·ludir (la tercera que va haver-hi a la ciutat), van mantenir-se fins a l’expulsió dels jueus, el 1492. Però el seu rastre va acabar esborrant-se de la trama urbana, transformat o ocupat per noves edificacions. En alguns casos els solars van ser explícitament cristianitzats amb la construcció d’esglésies o convents. A Lleida, per exemple, «feren església de la sinagoga e meterenli lo nom de Santa Maria del Miracle», en la qual els conversos van continuar mantenint el seu fossar. A Montblanc les pedres de la sinagoga van servir per a la construcció de l’església de Santa Clara. A Puigcerdà, s’hi va superposar el convent dels franciscans. Etcètera.
Tot això, juntament amb la manca de testimonis significatius o de documentació prou explícita, dificulta en gran mesura l’estudi de la projecció arquitectònica i artística de l’arquitectura religiosa de les comunitats jueves catalanes durant el període gòtic.
Abans que les sinagogues, la conquesta cristiana ja havia esborrat les mesquites. Les principals van cedir el seu espai a les noves catedrals, com a Lleida, Tortosa, Mallorca o València.
Tanmateix, les comunitats islàmiques van continuar tenint els seus llocs de culte: l’any 1344 el rei Pere el Cerimoniós manava que fos respectat el dret dels sarraïns de Lleida de tenir la seva pròpia mesquita.
Precisament quant a Lleida, s’ha discutit com la disposició del claustre i del campanar de la Seu Vella podien reflectir la forma de la mesquita que, cristianitzada, va subsistir almenys mig segle, fins a l’inici de la gran obra devers el 1200.
A Mallorca, el Llibre del Repartiment ja identifica, l’any 1232, l’antiga mesquita amb la nova seu episcopal. Es creu que la diferent orientació del campanar de la catedral mallorquina respecte de les naus podria estar relacionada amb el procés de substitució de la mesquita, de la qual encara sobrevivia una part a començament del segle XV.
A València les mesquites eren abundants i algunes es van mantenir fins a l’expulsió dels moriscos. Tanmateix, de la seva arquitectura o de la seva decoració, n’hi ha escassíssimes restes. Són conegudes les de l’ermita de la Xara, a Sknat de Valldigna, comarca de la Safor.