La història de Santa Maria de Sales està estretament vinculada a la del castell de Sales, del qual fou capella. Tanmateix, mentre que del castell hi ha una documentació abundant, especialment a partir de la segona meitat del segle XIII, de la capella únicament hi ha dades aïllades, pinzellades de la seva història, totes elles dels darrers anys de l’edat mitjana o del primer moment de l’època moderna. Els orígens de la capella de Santa Maria de Sales, amb gairebé tota certesa, cal cercar-los en la construcció del Castell de Sales, el qual no és documentat fins a l’any 1129, quan Berenguer, bisbe de Girona, i Galceran, Bernat i Bernat Joan de Sales signaren una concòrdia a aquest castell. Malgrat tot, cal suposar al castell de Sales una antiguitat major, ja que, des del 1029, apareixen esmentats a la documentació els senyors de Sales. La primera notícia que fa referència a la capella de Santa Maria de Sales és del 1348, any en què el senyor de Sales, Jaume de Cornellà, exercint un privilegi de la senyoria, presentà al bisbe de Girona el prevere Guillem del Coll, per al benefici presbiteral de l’altar de Santa Maria, que havia estat fundat a la capella del castell de Sales i que era vacant per la mort de l’anterior beneficiat. Per la mateixa raó, uns anys després, el 1397, Roger de Malart, senyor de Sales, presentà Berenguer Clar al bisbe de Girona com a capellà de Santa Maria de Sales. L’any 1442, Pere Dalmau Boxeda, fill d’un notari de Besalú, tenia el benefici de la capella del castell de Sales. Però, com sigui que aquest clergue estudiava lleis, nomenà procurador el seu pare, el qual arrendà tres peces de tres, vuit i dos jornals, que pertanyien al benefici i que es trobaven a la Costa de Sales, en canvi, d’un cens de tres sous a pagar per Nadal, tasca i lluïsme. El senyor de Sales, Joan de Malart, feu establiment, el 1544, del mas de Cabissó, situat a la parròquia de Sant Martí de Sales, que es trobava “dirutum et ad terram postratum”, en canvi, del pagament anual d’un cens de sis sous barcelonesos al beneficiat de la capella de la “Beata Maria del castro de Salas”.
Les restes del que fou l’antic edifici de l’església de Santa Maria han de trobar-se barrejades entre les ruïnes del castell. Tot i que hi ha qui les ha identificades amb una cambra que hi ha orientada de llevant a ponent, a l’extrem sud-occidental del castell, avui no és pas possible d’afirmar-ho amb seguretat.