Les primeres notícies que confirmen l’existència de l’església de Sant Martí de Juïnyà són de l’any 977, en què el comte de Besalú i bisbe de Girona, Miró Bonfill, feu donació a la canònica de Santa Maria de Besalú, que acabava de fundar, de l’església de “Sancti Martini de luviniano”. Aquest mateix any, l’església torna a ésser esmentada en la concòrdia establerta entre Miró Bonfill, en qualitat de bisbe de Girona, que es comprometia a donar els sants olis a l’església de Santa Maria de Besalú I les seves sufragànies, i l’abat d’aquesta, que acceptava donar allotjament al primer amb set dels seus acompanyants. El 998, una butlla del papa Gregori V reconeixia a la canònica de Besalú les seves possessions, entre les quals hi havia l’“ecclesiam sancti Martini de lucuniano cum decimis et primitiis vel oblationibus suis”, i, poc després, l’any 1000, Bernat Tallaferro, comte de Besalú, feia, de nou, donació de l’església de Juïnyà a Santa Maria de Besalú. La fortuna no degué somriure a Sant Martí de Juïnyà, ja que al començament del segle XII era enrunada. Per assegurar-ne la restauració i manteniment, el comte Bernat III de Besalú, amb el consentiment del bisbe de Girona, donà l’església a la comunitat de Sant Ruf d’Avinyó, el 1104. A partir d’aquest moment, la història de Sant Martí de Juïnyà entra en la més completa foscor, de la qual únicament ens treu, de forma puntual, una sentència de l’arquebisbe de Tarragona, datada el 1670, segons la qual el rector de Juïnyà, com els d’altres parròquies veïnes, no era obligat a residir a la seva parròquia com havia dictat el bisbe de Girona, i per tant podia viure a Besalú. En l’actualitat, l’església de Juïnyà, havent perdut la categoria de parròquia, resta agregada a Sant Ferriol.