El testament del comte Sunifred de Besalú i Cerdanya, de l’any 966, proporciona la primera referència de l’indret de Tortellà en deixar al monestir de Santa Maria de Ripoll “ipsum alodem de Torteliano, quem ego habui de Argemiro vel de alios homines”. De la mateixa manera, l’any 979, Miró Bonfill, comte de Besalú i bisbe de Girona, establí a les seves darreres voluntats la donació a la seu de Girona de “ipsum meum alodem de Torteliano qui mihi advenit per escripturam legitimam de Abone levita”. Tanmateix, aquest segon document mereix una atenció especial, ja que testimonia per primera vegada l’existencia de la parròquia de Santa Maria de Tortellà, en parlar de la dependència que tenia l’església de Santa Cecília de Sadernes respecte “ipsa parrochia de Torteliano”. Malgrat que apareix l’Indret de “Torteliano” en diverses donacions els anys 991, 992, 999 i 1018, la seva parròquia no torna a ésser esmentada fins el 1004, en què el bisbe de Girona, Odó, reclamà al comte de Besalú, Bernat Tallaferro, la possessió de les esglésies de Tortellà, Argelaguer i Sadernes, ja que aquestes havien estat cedides al levita Abbo pel bisbe Wigo, si bé la seu gironina no n’havia perdut els drets: “Abbo tenebat per ius prelibatae Sedis et donitum praefati Wigoni proprii aepiscopi iam dictis ecclesiis de Torteliano et de Argelagario et de Saturnense cum aiacentiis et apenditiis earum et cum decimis et primitiis earum”. Uns anys més tard, el 1017, una butlla del pontífex Benet VIII confirmant a l’abat Bonfill de Sant Pere de Camprodon els béns d’aquest monestir esmentava un “alodem qui est in parrochia de Torteliano”. A partir d’aquest moment, la més absoluta obscuritat envolta la història de Tortellà durant els segles baix-medievals i una bona part de l’època moderna, que només trenca de manera puntual la referència a “Sancte Marie de Torteliano” que fa el Llibre verd del capítol de Girona (1362). L’any 1722, el bisbe de Girona, Josep de Taverner i d’Ardena, autoritzà al domer de Tortellà a celebrar dues misses els dies festius, ja que d’aquest depenia l’ermita de Sant Miquel de Monteià. Pocs anys després, vers el 1756, segons data la llinda de la porta de migjorn, l’església romànica fou molt reformada seguint els gustos neoclàssics que predominaven en aquells moments. Durant la tercera guerra Carlina, l’any 1873, les tropes carlines atacaren la vila de Tortellà, i obligaren els liberals a refugiarse a l’església, on pogueren fer-se forts i resistir, amb els consegüents danys que això suposà per a la construcció. L’església de Tortellà tornà a ésser víctima d’una nova guerra civil, la de 193639, a conseqüència de la qual hagué de realitzarse una restauració durant els anys 1950.