La primera notícia que en tenim data de l’any 882 i figura en una donació de parròquies que el bisbe Teuter de Girona féu a la canònica de la seu, que acabava d’ésser fundada. El lloc és documentat l’any 1017 en una butlla de Benet VIII a favor de Sant Esteve de Banyoles, en la qual hom al·ludeix a unes vinyes que foren donades a aquest monestir per “Sendredus de Aguaviva”. També apareix documentat l’any 1231 en la cessió que Sibília, muller de Pere de Cervera, féu d’uns béns que tenia a Sant Joan d’Aiguaviva, a l’indret anomenat Solana, per fundar un benefici a Sant Feliu de Girona. L’església apareix l’any 1246 en una butlla del papa Innocenci IV en la qual són confirmades diverses possessions a Sant Salvador de Breda: “Et quicquid juris habetis in parrochia… et sancti Johannis de Aguaviva…” També figura en les Radones decimarum Hispaniae de l’any 1279 (“pro fabrica de Acquaviva”) i en els dos nomenclàtors de la catedral de Girona, del segle XIV amb una forma (“ecclesia parrochialis Sancti Johannis de Acquaviva”) que apareix sovint en la documentació posterior. La primitiva construcció d’època carolíngia devia ésser substituïda per una de romànica, i aquesta ho fou per una obra gòtica fins al creuer, i després per una capçalera neoclàssica. A la façana hi ha la data de 1830, any en què fou refeta. L’any 1698 el poble consta com a lloc reial. Tot i que en la documentació mai no s’esmenta, la parròquia d’Aiguaviva pertanyia a l’ardiaconat de la Selva, que depenia del monestir de Sant Salvador de Breda.