El lloc de Salt és esmentat l’any 882 en un document pel qual és venuda una peça de terra “in villa que dicitur Salto”. D’aquest mateix any data la referència més antiga de l’església (“Sancti Cucuphatis in Salto”), en la concessió que el bisbe Teuter féu de diversos delmes a la seu de Girona.
Consta en diversos documents dels segles XII i XIII com a parròquia.
En l’època moderna l’església, sovint, és anomenada Sant Jaume (per exemple en un document del 1544).
L’edifici romànic antic fou tan transformat i ampliat que pràcticament no en resta res.