Del lloc “Medinianus” hi ha una referència a partir de l’any 1017, però de l’existència d’aquesta església, no se’n sap res fins l’any 1098, que apareix al testament sacramental de Dalmau Vidal, en el qual llegà a la canònica de Girona un alou situat a les parròquies de Sant Julià, Sant Genís de Cervià i “Sancti Saturnini de Medimiano”, i un saltin a l’església parroquial.
Aquesta església, que ocupa una part de l’antic recinte fortificat, fou primerament la capella del castell de Medinyà abans d’esdevenir parroquial. Fou refeta al segle XVIII, tal com consta en una inscripció de la porta: “chantas me fecit”, 1763.
La casa rectoral i l’arxiu parroquial foren cremats durant les guerres napoleòniques. A Medinyà fou on els francesos establiren el seu quarter general durant el setge de Girona de 1809.