L’església parroquial d’Amer, qualitat delegada pel monestir de Santa Maria durant el segle XII, era dedicada a Sant Miquel. El seu topònim Amer deriva del mot Amara amb el qual l’any 840 s’identificava un rierol de la contrada.
La primera notícia de la capella és esmentada l’any 1184 en el testament de la senyora de la vall i del castell d’Hostoles, Na Dolça. Durant el 1228 el rei Jaume I concedí drets a la parròquia i al monestir, que es concretaren l’any 1238 amb el privilegi de notaria ofert pel mateix rei català. L’any 1313 l’establí dins la batllia de Sech mitjançant el frare Ferrer, abat del monestir d’Amer. El 1362 apareix la parròquia esmentada en el Llibre verd del capítol gironí.
L’església resultà molt afectada pels terratrèmols del 1427-28 i necessità d’una reconstrucció; aquestes remodelacions foren realitzades només parcialment a causa de la profunda crisi que travessà posteriorment el monestir, matriu de la parròquia, i, en conseqüència, tot el municipi. Finalitzant la Guerra dels Segadors, l’any 1657, l’església fou totalment destruïda per les tropes de Felip V. La capella no tornà a ésser reconstruïda i actualment hi ha una plaça anomenada de Sant Miquel al solar de l’antic edifici.