Tot i que les primeres mencions de l’església daten del final del segle IX, la primera referència explícita de la parròquia de Sant Esteve de “Rivo de Cotum” —topònim que reflecteix una zona de sediments arrossegats per les riuades—, la trobem l’any 1064 en el testament d’un preceptor de l’església de Girona.
Des del seu inici va pertànyer a la jurisdicció dels Vilademany, dependents dels vescomtes de Cabrera, fins que al 1242 passà a Pere de Gombau qui, alhora, la cedí a Guillem de Guifret. A la mort d’aquest noble osonenc, l’any 1256, passà a la Pia Almoina de la catedral de Girona.
La capella era situada entre les rieres d’Escarric i Riudevila, i les continuades inundacions que sofrí l’anaren malmetent fins que al 1430 se l’emportà definitivament una riuada. El poble fou llavors traslladat al lloc que ara ocupa, a l’esquerra de l’Onyar, i, l’any 1565, s’hi edificà l’actual església, d’estil gòtic tardà.