L’església parroquial de Vilobí d’Onyar tenia agregada la capella de Santa Margarida. Ja l’any 882 tenim notícia d’una Basílica Villalbino, on es fa referència a la donació de rendes per a establir-hi una comunitat de monjos, però no és pas segur que es tracti d’aquesta església de Sant Esteve.
La primera referència directa apareix l’any 1064; aquest any és esmentada com a Sancti Stephani de Villa Albini en el testament de Ponç, preceptor de l’església de Girona. El 1231 torna a aparèixer en un document segons el qual, Sibil·la, esposa de Ramon de Cervera, assignà les rendes que tenia a la parròquia de Sant Esteve per a la creació d’un benefici a l’església de Sant Fèlix de Girona. La darrera notícia sobre aquesta església arriba el 1362, en què és anomenada “Sancti stephani de Vilaubino” en l’arxiu diocesà de Girona, i “Sancti Stephani de Vilalbino” en el Llibre verd de l’arxiu capitular de la mateixa ciutat.