La primera notícia referent a l’església de Sant Cebrià i Sant Just de Fogars apareix en la butlla atorgada per Benet VI a favor de l’abat Hildesind de Sant Pere de Rodes, el 974. Trobarem més dades en el precepte del rei Lotari, del 977, a favor també de Sant Pere de Rodes, i el 1185 en la butlla de Luci III, confirmant les possessions de Breda.
A partir del segle XIII quedà emmarcada dins la batllia de n’Orri, del vescomtat de Cabrera. L’“Ecclesia parrochialis Sancti Cipriani de Falgariis” apareix també en els nomenclàtors del bisbat de Girona, del segle XIV.