La capella de Santa Margarida forma part de les dependències del mas Favà o de Favà, situat als vessants de la serra de Prada de la vall de Cabó. És l’únic vestigi que queda de l’antic poble de Favà, a més de la capella de Sant Bartomeu, documentat d’ençà del 867. L’actual capella, d’origen incert però d’època moderna, no és documentada. Per la seva part el mas, esmentat en el cens del 1860, presenta unes estructures en els seus fonaments que podrien indicar un origen medieval.