Al document de l’acta de consagració de la Seu d’Urgell s’esmenta el lloc de Coniuncta, que ha estat identificat com a Junyent. Els anys 1024 i 1045, ipsos lunnents, és esmentat com a límit de la vila de Llacunes. L’any 1071 es publicà el testament de Ramon, que deixà la vila de Biscarbó a la seva muller Maria i als seus fills Gerbert, Guillem i Tedball, mentre que el seu fill Pere fou objecte d’altres llegats. L’any 1081 els seus fills Gerbert i Guillem feien testament conjuntament, en el qual deixaven la vila de lunnent a la canònica de Santa Maria de la Seu, menys dos masos que llegaven al monestir de Gerri de la Sal i un altre mas que era per al monestir de Santa Cecília d’Elins.
El lloc de Junyent, com a part del vescomtat de Vilamur, passà als Cardona al final del segle XIV.
Al començament d’aquest segle Sant Esteve de Junyent encara era una parròquia independent, però actualment està supeditada a la parroquial de Noves de Segre.