L’antiga església parroquial de Sant Joan Baptista de la Freita és situada a l’antic terme d’Arfa, englobat en l’actual terme del Pla de Sant Tirs.
En la documentació conservada es parla de l’església parroquial de Santa Eugènia de la Freita, advocació que perdurà fins, almenys, al principi del segle XIV. Es desconeix si després d’aquesta data es produí un canvi d’advocació de l’església parroquial de la Freita, o si bé hi havia un edifici anterior a l’existent en l’actualitat, dedicat a sant Joan, que estigué sota el patronatge de Santa Eugènia.
L’esment més antic conegut de la vila de la Freita és del 947, en què el lloc de la Freita apareix com a afrontació de la vila d’Arfa. Aquesta població es retroba amb diverses denominacions com Ollafracta, Ollafrecta, Ollafreita, o Olafreita, en documents dels anys 988, 1010 (1012), 1024, 1044, 1055, 1092, 1127 o 1133, i en el document de l’acta de consagració de la Seu d’Urgell.
L’any 1077 el comte Ermengol IV d’Urgell donava a Santa Maria de la Seu les batllies i les franqueses que els seus avantpassats tenien en els termes de diverses viles del comtat d’Urgell, entre les quals consta el terme de Santa Eugènia de la Freita, parròquia que s’esmenta en un altre document del 1081 com a “Sancta Eugenia qui est fundata in villa Ollam Fractam. Abans, l’any 1055, s’esmenta l"apendicio Sancte Eugenie” de la Freita en la donació d’un alou.
L’església parroquial de Santa Eugènia de la Freita, del deganat d’Urgellet, és inclosa en la relació de parròquies visitades, els anys 1312 i 1314, del bisbat d’Urgell per manament de l’arquebisbe de Tarragona, Guillem de Rocabertí i en la dècima del 1391, on consta el capellà de Freyta.
A la Guia de l’Església d’Urgell del 1990 hi havia censats a la Freita 2 habitants, mentre que l’any 1984 constava com a lloc despoblat, i l’església encara tenia culte i era supeditada a la parròquia de la Bastida d’Hortons.