Aquesta capella és situada en l’actual despoblat de Lletó. Data de l’any 867 una de les primeres mencions documentals del lloc, quan Nonbolenda i Matrona vengueren als esposos Malangec i Jacinta una peça de terra in villa Letone. De fet, però, tot i l’antiguitat constatada en el poblament, no és fins al segle XI que certs instruments palesen l’existència del temple de Sant Esteve. Un d’ells, datat el 1044, notifica la venda que Seniofred i Guinedelda feren d’una mansió situada al terme de Sancti Stefani in villa Leton per sis argenços a Gicita i Ermengarda, els quals, el 1055, els veiem actuant com a venedors d’una casa amb cort als esposos Isarn i Guinedell, situada en la mateixa demarcació parroquial. L’església de Lothone figura esmentada també en l’acta de consagració de la catedral d’Urgell.
Hom sap d’altra banda, segons els fogatjaments confeccionats el 1358, que el lloc de Lletó, amb un total de deu focs, pertanyia al domini del capítol de la Seu, encara que els seus habitants pagaven cens en moneda pel concepte d’alberga al vescomte de Castellbò. Així mateix hi ha constància que el capellà de Lletó liquidà per la dècima recaptada l’any 1391 a la diòcesi d’Urgell, la quantitat d’una lliura i cinc sous.