La parròquia de Lles, amb el topònim escrit sota la forma Lesse, és citada a l’acta de consagració de Santa Maria de la Seu d’Urgell, document datat l’any 819, però que sembla que en realitat fou redactat a la darreria del segle X. Vers mitjan segle XI, el 1041, hom troba un nou esment del lloc de Lles en el testament de l’arxilevita Guillem Bernat, el qual testà abans d’emprendre un viatge a Roma; segons s’especifica en el document, llegà a Santa Maria de la Seu la meitat dels alous que posseïa en diverses vil·les del comtat de Cerdanya, entre les quals la vil·la de Less. Una altra menció de l’església de Lles data de l’any 1085, en una escriptura per la qual un tal Arnau, fill de Ramon, feu donació a la canònica de Santa Maria de la Seu dels alous que tenia a la Cerdanya, entre els quals consta el que posseïa “in apendicio Sancti Petri de Les et in eius terminos”, de manera que romanguessin en la dita canònica després de la seva mort.
L’any 1280 consta que la parròquia de Les contribuí a satisfer la dècima que es recaptà aquell any a la diòcesi d’Urgell. Poc després, entre el 1312 i el 1314, l’ecclesia Sancti Petri de Les fou visitada pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona, segons consta en la relació d’esglésies visitades que ha pervingut a l’actualitat. La parròquia de Lles figura el 1391 en el llistat de temples parroquials que satisferen la dècima col·lectada a la diòcesi urgellenca aquell any.
L’actual parròquia de Sant Pere no conserva cap rastre de l’antiga estructura romànica; és un edifici d’una sola nau amb capçalera carrada, que segurament substitueix l’antic absis semicircular. A la façana de ponent té un gran campanar de torre, de base quadrada, coronat amb una coberta piramidal.